工程款逾期付款违约金的计算标准主要依据以下几个方面来确定：

　　一、合同约定

　　首先，工程款逾期付款违约金的计算应以双方合同中的明确约定为准。在签订合同时，发包方和承包方应对逾期付款的违约金数额或计算方法进行明确约定，并作为合同条款写入合同文本。一旦发生逾期付款情况，即可按照合同约定执行违约金计算。这是最直接且常用的计算标准。

　　二、法律法规规定

　　如果合同中没有明确约定或约定不明确的，可以参照国家法律法规规定的标准进行计算。一般来说，国家法律法规对于工程延迟违约金的计算方式有具体规定。例如，有规定指出，工程延迟违约金一般是按照超出十日结付工程款，每延期一天，按照工程款总额的0.5%支付违约金。这一标准既体现了违约金的惩罚性，又兼顾了合理性和可操作性。

　　三、损失赔偿原则

　　在计算工程款逾期付款违约金时，还应遵循损失赔偿原则。即违约金的数额应与因违约给对方造成的损失相适应。如果合同约定的违约金数额过分高于或低于实际损失，当事人可以请求人民法院或仲裁机构根据《中华人民共和国民法典》的相关规定进行调整。因此，在实际操作中，承包方应保留好相关证据材料，以证明因发包方逾期付款给自己造成的损失情况，以便在必要时请求法院或仲裁机构对违约金数额进行合理调整。

　　四、实际操作注意事项

　　及时发送催款通知：一旦发现发包方存在逾期付款情况，承包方应及时发送催款通知，并要求对方在规定期限内支付款项及违约金。催款通知应以书面形式发出，并保留好相关证据材料以备后用。

　　协商与诉讼：在发现发包方逾期付款后，承包方可以先尝试与对方进行协商解决。如果协商无果或对方拒绝履行支付义务时，承包方可以向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁以维护自身权益。

　　注意诉讼时效：根据我国法律规定，工程款逾期付款纠纷的诉讼时效期间为三年。因此，承包方在发现发包方逾期付款后应及时采取行动并保留好相关证据材料，以免超过诉讼时效期间而丧失胜诉权。

　　综上所述，工程款逾期付款违约金的计算标准应首先遵循合同约定;在合同未明确约定或约定不明确的情况下，可以参照国家法律法规规定的标准进行计算;同时应遵循损失赔偿原则确保违约金的合理性和公平性。在实际操作中还需注意及时发送催款通知、协商与诉讼以及诉讼时效等问题。